O Brasil era impulsionado desde meados do século XVI pela produção da cana-de-açúcar, concentrada principalmente no nordeste brasileiro. Era um negócio rentável para a Coroa Portuguesa. Para que houvesse uma maior fiscalização e controle, foi instalada a capital da colônia em Salvador, em 1549, tendo como o primeiro Governador Geral Thomé de Sousa.

O centro econômico da colônia é transferido de São Vicente para Salvador, tornando-se o porto de São Vicente apenas uma rota de passagem até o Rio da Prata, no Paraguai, onde Portugal havia fundado a Colônia do Sacramento.

A região de São Vicente, Santos e Bertioga foi esquecida, entrou em decadência, praticamente tudo foi abandonado. Poucos moradores e por isso a agricultura em Bertioga também logo entrou em declínio, pois não tinha para quem vender nas Vilas de Santos e São Vicente. Alguns mudaram-se buscando melhores condições em São Paulo de Piratininga (São Paulo) ou para atuar nas “bandeiras” explorando o interior em busca de riquezas minerais e na captura de indígenas para trabalho escravo.

Esse cenário somente começa a mudar a partir da descoberta do ouro em Minas Gerais pelos paulistas, em 1697, e pelo ataque dos espanhóis à Colônia do Sacramento, em 1735. Esses foram motivos determinantes para a Coroa Portuguesa reforçar as defesas militares das capitanias do sul no decorrer do século XVIII (1701/1800). Além disso, Portugal mudou a capital do Brasil de Salvador para o Rio de Janeiro, em 1763, ficando mais próxima do escoamento e controle do ouro e das ameaçadas fronteiras do sul, cobiçadas pelos espanhóis.

No entanto, o fator principal para o ressurgimento da Vila de Bertioga foi o início das atividades da Armação das Baleias, que possivelmente ocorreu em 1748. Embora a maior parte das instalações ficassem do outro lado do Canal, no Guarujá, os estaleiros das embarcações ficavam em Bertioga. A construção da Capela de São João Batista (1740) e a ampliação do Forte São Thiago (Forte São João) e do Forte São Felipe (Forte São Luís), por volta da década de 1760, são fatos que impulsionam a ocupação da Vila de Bertioga por pescadores e alguns agricultores.