Pelo Alvará de 12 de agosto de 1797 foi determinada a criação do Arsenal da Marinha de Santos.

Arsenal, no dicionário português, é o “estabelecimento destinado ao fabrico e depósito de armas e munições de guerra ou à construção e reparação de navios”. O Arsenal da Marinha de Santos tinha apenas como finalidade reparo e construção de embarcações. Não era depósito de armamentos.

Segundo o historiador Costa e Silva Sobrinho, a edificação teria sido erguida sob o comando do tenente Ângelo Dias Gomes. Ali eram reparados os navios que chegavam ao Porto de Santos e, a partir da Independência do Brasil, começaram a ser construídas embarcações, sendo que a primeira lançada ao mar foi a canhoneira “Leal Paulista”, em 25 de janeiro de 1825.

A Vila de Bertioga teve um papel determinante na segunda fase de funcionamento do Arsenal da Marinha de Santos, pois a madeira que era usada para a construção das embarcações deixou de ser fornecida pela Vila de São Sebastião para ser obtida em Bertioga, muito mais perto de Santos.