Desde 1956, o ponto de embarque em São Paulo era na Rua Rio Branco, nº 621, e depois passou a ser na mesma rua, no nº 511, mas em 1º de fevereiro de 1961 o ponto de embarque foi alterado para a Estação Rodoviária de São Paulo (Terminal Rodoviário da Luz), que acabava de ser inaugurado.

Nessa mesma época, servia as linhas de São José dos Campos, Paraibuna, Caraguatatuba, São Sebastião, Ilha Bela e Ubatuba.

No livro História de Santos e Polianteia de Santos, Francisco Martins dos Santos e Fernando Martins Lichti, escreveram que “desde a abertura da estrada Bertioga-São Sebastião, tão logo as pontes de madeira, em profusão, foram reforçadas, no final da década 60, o Expresso Rodoviário Atlântico manteve uma linha de ônibus regular, com transporte de encomendas e passageiros, com dois horários por dia, de Santos e de São Sebastião, com agência em Bertioga, sem dúvida um transporte pioneiro na integração de quase duzentos quilômetros do litoral paulista.

Ainda segundo Francisco Martins dos Santos e Fernando Martins Lichti, o Expresso Rodoviário Atlântico possibilitou aos caiçaras do litoral Norte de São Paulo que se comunicassem com os centros urbanos, livrando tantos núcleos de modestos pescadores e lavradores diversificados pelas numerosas praias de muitas décadas enfrentando a miséria, a doença e o analfabetismo de tantas gerações.

O jornal A Tribuna de Santos, de 26 de novembro de 1967, na página 26, menciona que “no trecho Bertioga-Maresias já está em funcionamento uma linha de ônibus do Rodoviário Atlântico”. Quando fala, “já está em funcionamento”, passa a ideia que acabou de ser criado ou instalado o serviço. O mesmo jornal também menciona que até então, para se chegar à Santos, era preciso que a população de São Sebastião se deslocasse por embarcações. O jornal está se referindo a viagem que era feita pelo mar para chegar na balsa de Bertioga, atravessar para o lado de Guarujá, e lá pegar os ônibus em direção a balsa que atravessava para Santos.

Em 1967 já estava extinto o serviço de travessia fluvial entre Bertioga e Santos, razão pela qual a população ia de ônibus para Santos. O objetivo era fazer compras. Quase nada era comprado em São Paulo. A população ia para Santos comprar alimentos e vestuário. O atendimento médico mais profissional também era em Santos.

Segundo o jornal O Estado de São Paulo, de 27 de outubro de 1967, o Expresso Rodoviário Atlântico mantinha quatro ônibus diários para São Sebastião, sendo três via São José dos Campos e Caraguatatuba, às 06:00, às 12:00 e às 18:30, e um via Santos e Bertioga, em apenas um horário, às 06:40 da manhã, possivelmente com saída de São Sebastião. Na verdade, ele não ia até Santos. Ia até a balsa de Bertioga.

A linha entre Bertioga e São Sebastião do “Expresso Rodoviário Atlântico” somente se tornou possível com a estrada de São Sebastião e com a conclusão das primeiras etapas da Rodovia Rio Santos. Mesmo assim, em 1967 as condições ainda eram precárias, pois diversos trechos não contavam com asfalto.

O jornal A Tribuna de Santos de 24 de setembro de 1969 menciona quatro ônibus entre São Sebastião e Bertioga, dois em cada sentido. Nessa época, os estudantes das populações dos vilarejos, sem escola, pediam que os horários coincidissem com o início e término das aulas.

A agência do Expresso Rodoviário Atlântico funcionou ao lado da Venda de Miguel Bichir, na Avenida Vicente de Carvalho, e ali trabalharam Neide Bichir e Nazaré Penha Moreira. No mesmo local eram vendidas passagens da Viação Cometa e da Viação Coringa, para São Paulo. Teve um período que essa agência passou a funcionar em uma pequena sala ao lado da Panificadora São João da Barra, na Rua Irmãos Braga.