Confederação dos Tamoios e Armistício de Iperoig – 1554/1567
Quando os primeiros portugueses chegaram, encontraram os indígenas vivendo em agrupamentos separados pelas suas tradições culturais. Era preciso conquistar o território. Primeiro, vários indígenas morriam ao entrar em contato com os europeus e as doenças que traziam consigo. Depois, esses mesmos europeus incentivaram a disputa por território entre os povos indígenas. Para conquistar território e conseguir mão de obra para o trabalho, os europeus faziam alianças e casavam-se com filhas de líderes indígenas. Os inimigos eram escravizados. João Ramalho era exemplo disso, casado com várias nativas e comerciante de indígenas escravizados.
Em 1549, a “Companhia de Jesus”, por ordem de Ignacio de Loyola, envia ao Brasil os padres “jesuítas” Manoel da Nóbrega e José de Anchieta, com a missão de converter os indígenas aos ensinamentos cristãos (catequese), para que o trabalho escravo fosse substituído pelo trabalho voluntário. Por isso, a missão dos “jesuítas” tinha apoio da Coroa Portuguesa.
Acontece que a imposição da cultura do branco europeu aos habitantes das terras recém-descobertas resultava na simples aniquilação das tradições culturais indígenas. As doenças, a escravização, a disputa por terras, a negação cultural, tudo isso resultou na Confederação dos Tamoios, uma resistência organizada por diversas etnias, com o apoio dos franceses, e contra o domínio português. Ocorreu entre 1554 e 1567 e foi responsável por ataques a rotas e vilas instaladas pelos portugueses que, sem recursos para impedir o conflito, optaram por usar a diplomacia. As autoridades portuguesas enviaram os padres jesuítas Manuel da Nóbrega, como representante do governo de São Vicente, e José de Anchieta, como intérprete, para acertarem um tratado de paz. Partiram de São Vicente em 18 de abril de 1563, com escala em Bertioga. Ficaram hospedados no quartel do Forte São Thiago (Forte São João), onde permaneceram por cinco dias, e celebraram diversas orações clamando pela paz entre os povos.
A expedição era custeada e acompanhada por Francisco Adorno, e seguiu para Iperoig (Ubatuba/SP), onde chegaram em 06 de maio de 1563, para tentar a pacificação dos Tamoios, sendo então, após longa negociação, celebrado um tratado de paz em 14 de setembro de 1563, com Aimberê, Pindobuçu, Coaquira, Cunhambebe, Agaraí e outras lideranças.