Na década de 1960, instalaram-se no Canal de Bertioga, ao longo da Estrada Guarujá/Bertioga diversas indústrias de beneficiamento de pescado, principalmente sardinha (Interpesca, Pescatlan, Edemar, Sipesca e Sardimar).

Também se instalaram em Bertioga grandes indústrias. A Pescanova (1968) e a Multipesca (1970), nas margens do Rio Itapanhaú. Não houve resultado relevante para Bertioga na geração de empregos e tributos. Na década de 1980 as indústrias de Bertioga entraram em decadência e encerraram suas atividades.

Em 1973, discutia-se a instalação de um entreposto de pesca na área compreendida entre a ponte sobre o Rio Itapanhaú e o Canal de Bertioga. A pretensão era a instalação de uma estrutura maior e mais moderna do que a de Santos. Esse projeto seria desenvolvido em uma área de mangue, que seria aterrada com areia extraída do fundo do Canal de Bertioga. Essa era a proposta da Prefeitura de Santos e da Subprefeitura de Bertioga, que precisa ser entendida conforme a legislação da época, considerando que o conceito de meio ambiente no início dos anos de 1970 ainda era desconhecido. O projeto não obteve recursos financeiros para ser executado, além da forte resistência de setores de Santos com o protagonismo de Bertioga.