Bertioga foi palco da matança de milhares de baleias na indústria de beneficiamento desse animal, de 1748 até 1825, aproximadamente, através da Armação das Baleias de Bertioga, localizada na sua maior parte na Ilha de Santo Amaro (Guarujá), com alguns barracões para guardar as embarcações em Bertioga.

Virou notícia nos jornais “O Estado de São Paulo” e “O Diário de Santos” o encalhe de uma enorme baleia ao lado do Forte São João, em frente ao sítio de Gabriel Fernandes Garcez. Isso ocorreu na madrugada do dia 14 de agosto de 1916. Essa baleia tinha 22 metros de comprimento e 6 metros de largura. Não foi possível na época identificar qual espécie de cetáceo era, mas pelo tamanho, deveria ser uma baleia azul.

Por algum tempo, causou incômodo aos poucos moradores, mas a maré se encarregou de sepultar a carcaça do animal na areia da praia. Os ossos dessa baleia voltaram a ser avistados em 1937, pelo jornalista Joel de Aquino. Quando visitou Bertioga, disse que grandes ossos de baleia estavam expostos na areia da praia, removidos pela mesma grande ressaca que destruiu o velho cemitério. 

Era comum encalhar baleias, mas não desse tamanho. Em 21 agosto de 1891 o “Correio Paulistano” informava do encalhe de outra baleia menor, próximo ao Indaiá, já em adiantado estado de decomposição. Com autorização do Governo do Estado, parte dela foi removida, em especial todos os ossos, e levada para São Paulo, para pesquisa no Museu Sertório, uma coleção particular do Coronel Joaquim Sertório, hoje de propriedade do Museu Paulista (Universidade de São Paulo). Foi responsável pela remoção da baleia Alexandre Hummel, auxiliar do Museu Sertório. Depois das pesquisas os ossos ficaram expostos nos jardins de um dos parques municipais de São Paulo. 

Muitas outras baleias, no decorrer da história, encalharam nas praias de Bertioga, como aconteceu em setembro de 1980. Era uma baleia branca, que segundo entrevista dada na época por Nagib Bichir, ao jornal “A Tribuna de Santos”, ela tinha 20 metros, e entre 25 e 30 toneladas, era “um belo animal, que merecia um pouco mais de respeito”, pois havia indícios de ter sido mutilada em alto mar. A baleia, em decomposição, ficou dias nas areias do Indaiá, virou ponto turístico, até que a Prefeitura resolveu cortar em pedaços e enterrar na praia.