Para entender a presença desse grupo armado em Bertioga, é preciso contextualizar a crise política pelo qual passava o governo federal nessa época.

Em 3 de novembro de 1891, o Presidente Marechal Deodoro da Fonseca aplica um golpe e determina a dissolução do Congresso Nacional. O Congresso tinha acabado de aprovar uma lei que instituía o impeachment, e isso deixou Deodoro revoltado. Embora eleito indiretamente por esse mesmo Congresso, o governo passava por uma tensão política, agravada pela crise econômica. Deodoro construiu uma brilhante carreira militar com a Guerra do Paraguai, mas não soube conduzir a gestão político-administrativa da República que ele mesmo proclamou. A dissolução do Congresso Nacional provocou diversas movimentações políticas em desfavor de Deodoro. Grupos armados organizaram-se no país contra ele. No Estado de São Paulo destacou a atuação do médico e político Alfredo Ellis, influente deputado federal que reunindo-se na capital paulista com Bernardino de Campos, Prudente de Moraes e Campos Salles, planejaram um movimento armado decisivo contra o Governador do Estado, Américo Brasiliense, que se mantinha aliado ao Presidente Deodoro da Fonseca.

Houve também uma revolta armada no Rio de Janeiro, liderada por Floriano Peixoto, Vice-Presidente da República. O Almirante Custódio de Melo exigiu a renúncia de Deodoro da Fonseca, caso contrário bombardearia o Rio de Janeiro. Deodoro não andava bem de saúde. Renunciou e dias depois foi a vez do Governador de São Paulo Américo Brasiliense.

Pela iniciativa de Alfredo Ellis em promover um motim contra o Governador de São Paulo, e pela sua coragem em liderar o movimento, foi em sua homenagem nomeada uma das forças militares de “Batalhão Alfredo Ellis”. Vitorioso, o batalhão permaneceu por vários anos resguardando o governo constitucional.

Recebeu a missão do Governador do Estado de manter a ordem durante a Revolta da Armada de 6 de Setembro de 1893, um levante da Marinha brasileira, apoiado supostamente pela oposição monarquista, que, insatisfeita com a recém-proclamada República, exigia a renúncia do Presidente Floriano Peixoto. O Governador do Estado, Bernardino de Campos, determinou que o Batalhão Alfredo Ellis viesse socorrer Santos, que estava na iminência de ser atacada pelo encouraçado “República”, tomado pelos militares da Marinha.

Em 19 de setembro de 1893 houve o conflito. O Batalhão Alfredo Ellis e outros militares trocaram fogo contra os revolucionários. A população fugiu para o alto do Monte Serrat ou para a estação de trem do Valongo, em direção à São Paulo. O Batalhão Alfredo Ellis venceu, ficando por alguns dias na região para proteger o Porto de Santos. A Barra de Bertioga era usada nos exercícios militares do Batalhão Alfredo Ellis.

Para Adler Homero Fonseca de Castro, em sua obra “Muralhas de Pedra, Canhões de Bronze e Homens de Ferro”, e segundo publicação do Jornal “O Estado de São Paulo”, durante a Revolta da Armada foi instalada uma metralhadora no Forte São João pela Força Pública de São Paulo.