Frei Gaspar da Madre de Deus escreveu em “Memórias para a história da Capitania de São Vicente”, a existência da “Torre da Bertioga”, uma espécie de fortim ou posto de observação, feito inteiramente de madeira e de modo muito precário para abrigar a esquadra de Martim Afonso de Sousa em terra. Foi construído no mesmo local onde se encontra o Forte São João.

Alberto Sousa, biógrafo de José Bonifácio de Andrada e Silva, em seu livro “Os Andradas”, confirma a existência dessa primitiva fortificação erguida no ano de 1531. Francisco Martins dos Santos não discorda dessa interpretação, mas ressalta que logo foi abandonada.

O Instituto Histórico e Geográfico Guarujá-Bertioga, quando da presidência de Lucia Piza Figueira de Mello Falkenberg, no Guia do Museu João Ramalho, faz uma interpretação diferente e isolada dos demais autores, afirmando que essa fortificação erguida a mando de Martim Afonso de Sousa, era a “paliçada” (estacada) construída em 1532 por Diogo de Braga e seus filhos. Esse é um ponto de conflito nas versões, pois sabemos que todos os autores dizem que a “paliçada” foi executada no ano de 1547.

Já Adler Homero Fonseca de Castro, em sua obra “Muralhas de Pedra, Canhões de Bronze e Homens de Ferro”, se opõe a interpretação de existência de qualquer instalação no sítio de Bertioga antes de 1547, aduzindo que essa versão “não é confirmada por outros documentos da época da fundação da colonização”. Ele considera que os poucos recursos da Coroa Portuguesa foram usados para instalações na recém fundada Vila de São Vicente. Para Adler, a primeira fortificação foi a “paliçada”, erguida em 1547.