Os primeiros habitantes de Bertioga foram os “sambaquieiros” ou “sambaquianos”. Eram humanos modernos, da linhagem Homo sapiens, mas não tinham o conhecimento da escrita e não há registros de desenhos pré-históricos em Bertioga. Eram pescadores, caçadores e coletores. Alguns estudos mais recentes revelam o manejo ou cultivo de vegetais. Alimentavam-se, principalmente, de peixes, moluscos e crustáceos, mas também consumiam animais terrestres, tubérculos e frutos. Além disso, formavam uma sociedade complexa, fundamentada na celebração de rituais funerários, servidos por bebida e comida, com o sacrifício de animais.

Considerados como o povo das conchas, são os construtores dos “sambaquis” (concheiros), estruturas formadas por várias camadas de areia e conchas, com idades variando entre 2 mil e 8 mil anos. Destinavam-se ao sepultamento desses nativos e por isso possuem ossos humanos, adornos e instrumentos usados para o ritual funerário. Há pesquisadores que consideram que os sambaquis também eram usados como moradia ou acampamento transitório. 

São formados por estacas de madeira e alicerces de areia e conchas. Possuem o formato e assemelham-se a um pequeno morro. Teoricamente, os parentes eram enterrados abaixo das moradias. As famílias de sambaquieiros talvez ocupassem a parte superior dessa estrutura. Conforme ocorriam novos sepultamentos, eram construídos novos alicerces, aumentando a altura e largura. Os sambaquis eram usados continuamente por vários séculos e gerações de famílias, razão que justifica o tamanho extraordinário que alguns atingiram. Além das conchas e da areia usados para construí-los, nesses sítios costumam ser encontrados vestígios de fogueiras, ossos humanos e de animais terrestres e marinhos, utensílios de pedra polida possivelmente para consumo de alguma bebida nas cerimonias de sepultamento, machados de pedra de todos os tipos, raspadores, trituradores, quebradores de coco, artefatos feitos de ossos de animais, como anzóis, furadores, pontas de flecha, adornos e colares. 

Vários já foram identificados em Bertioga, inclusive mapeados no Plano Diretor, mas nenhum deles foi objeto de estudo arqueológico. Estão completamente cobertos por vegetação, escondidos na mata e, imperceptíveis. É possível que muitos estejam submersos nos manguezais e nos rios adjacentes, pois na época em que foram construídos o nível do mar estava mais baixo. 

O povo sambaquieiro desapareceu quando os Tupi ocuparam o litoral do Sudeste, vindos da Amazônia, o que teria ocorrido há quase 3 mil anos. 

Curiosamente, como no passado os construtores acreditavam que esses sítios eram formações naturais, o Forte São João, o Forte São Luís, a Ermida de Santo Antônio do Guaíbe e diversas instalações da Armação das Baleias foram erguidas com pedras, usando como argamassa os sambaquis, pois as conchas após processadas (trituradas e calcinadas) formavam uma “cal” de ótima qualidade para a construção civil.